A patogênese investiga o desenvolvimento de uma doença e a cadeia de eventos a ela associada, que determinam passo a passo as alterações morfo-funcionais das células e tecidos pertencentes aos órgãos afetados. Essas alterações podem ser causadas por agentes químicos, físicos ou biológicos (vírus, bactérias, etc.).
Poderíamos, portanto, definir a patogênese como o mecanismo pelo qual um agente etiológico (agente causal, por exemplo, uma bactéria ou uma radiação) determina a doença. Não é por acaso que o termo patogênese deriva da união das palavras gregas. pathos, "doença", e gênese, "criação".
Enquanto a etiologia define as causas, a patogênese estuda as consequências.
Na leitura de textos médicos podemos, portanto, encontrar termos como: patogênese microbiana, patogênese inflamatória, patogênese viral, patogênese maligna (tendência de uma doença, geralmente tumor, de piorar progressivamente até se tornar potencialmente letal). Muitas doenças reconhecem diferentes fatores causais (etiologia multifatorial) e ainda mais numerosas são aquelas caracterizadas por diferentes mecanismos evolutivos (patogênese múltipla).