O pH das fezes é normalmente neutro ou ligeiramente alcalino (6,8 - 7,5). Fezes mais ácidas, fisiológicas apenas no recém-nascido, podem indicar infecções intestinais (Escherichia coli, Rotavírus) ou distúrbios digestivos, como lactose ou intolerância a gordura (esteatorréia por insuficiência pancreática ou estase biliar).
O pH das fezes é influenciado pelos hábitos alimentares do sujeito; por exemplo, dietas excessivamente ricas em carnes e laticínios tornam as fezes mais alcalinas. A putrefação da flora bacteriana intestinal, de fato, destrói os aminoácidos que escaparam da absorção, gerando aminas tóxicas e malcheirosas, conseqüentemente, o pH das fezes tende a aumentar com o aumento da produção de amônia. Portanto, não é coincidência que um pH fecal muito alcalino, acompanhado por uma redução nos ácidos graxos de cadeia curta (ver butirato), tenha sido associado a um risco aumentado de câncer colorretal.
Se o pH das fezes tende a aumentar na presença de disbiose putrefativa, ele tende a diminuir na presença de disbiose fermentativa, cujas causas são encontradas na ingestão excessiva de carboidratos ou em uma má absorção dos mesmos ( doença celíaca). Mesmo na presença de uma "ingestão abundante de lipídios, em dietas vegetarianas e em jejum prolongado, o pH das fezes torna-se ácido.
Para evitar distorcer os resultados do teste, as fezes não devem estar contaminadas com urina e devem ser refrigeradas rapidamente para evitar que a amônia urinária e bactérias putrefativas tornem o pH fecal alcalino.